Eine Inventur der Lagerbestände ist einmal jährlich durchzuführen. Dabei kann es sich um eine permanente oder eine stichtagsbezogene Inventur handeln. Die Abläufe bei beiden Arten der Inventur sind in INPLAN PRO identisch. Alle Programmfunktionen, die für die Inventur benötigt werden, sind in einem Modul zusammengefasst.
Zum Erstellen der Inventurliste steht im Modul "Inventur" ein Befehl zur Verfügung. Der Benutzer wählt dabei aus allen Lagerartikeln (und ihren jeweiligen Lagerorten) die Positionen aus, die in eine Zählliste aufgenommen werden sollen. Die Zählliste wird anschließend ausgedruckt. Mit dem Erstellen der Zählliste können für diese Artikel keine anderen Bestandsveränderungen erfasst werden.
Die Zählliste ist nach Lagerplätzen sortiert, so dass sie von oben nach unten abgearbeitet werden kann. Sie enthält keine Mengenangaben. Die Artikel werden gezählt (oder gemessen, gewogen oder geschätzt) und die dabei ermittelte Menge handschriftlich auf der Zählliste erfasst.
Die handschriftlich notierten Bestände werden im Modul "Inventur" erfasst. Mit der Freigabe werden eventuell vorhandene Differenzen gebucht, so dass danach die Bestände im System mit den Beständen der Zähllisten übereinstimmen. Mit der Freigabe der Inventur können für diese Artikel andere Bestandsveränderungen wieder erfasst werden.
Egal wann die Inventurzählung stattgefunden hat, die Inventurbewertung wird zum Jahreswechsel (bzw. Wechsel des Geschäftsjahres) durchgeführt. Dabei werden die aktuellen Bestände im System festgeschrieben. Diese Daten stehen für eine Auswertung zur Verfügung, auf Grund deren die Lagerbestände für die Bilanz gebucht werden können.
Die Inventurbewertung enthält pro Bestandskonto der Finanzbuchhaltung die dazugehörigen Artikel mit deren Menge, dem Lagerdurchschnittspreis und dem Lagerwert (gerundet auf zwei Nachkommastellen). Pro Bestandskonto werden die Artikel summiert. Diese Summen sind die Beträge, die in der Bilanz auf den Bestandskonten stehen müssen. Die dazu erforderlichen Buchungen erfolgen manuell, da die Abweichungen in INPLAN PRO nicht bekannt sind. Die Beträge werden auf außerordentlicher Aufwand bzw. Ertrag gegengebucht.